魏晋官学因时局动荡而变化多端，官学的学制设置，也纷呈百态，难以划一；五胡诸国，南北六朝，自行其是，因势造置，学制方面也无一定成规。但就总体而论，同两汉相比，魏晋南北朝官学的学制设置与变更，有以下几个方面：

第一，逐步形成并确立了中央官学的双轨体制。两汉中央官学就其正宗而言，惟有太学一家，太学生员混杂，既有公卿子弟，又有庶士布衣，并非专门的贵胄学校，也不是专门的庶民学校。曹魏在洛阳东汉太学旧址重建太学，大体因袭汉制，也未区分士庶。其后，由于门阀政治制度的进一步强化，门阀士族在政治、经济、文化诸方面均占有独特的地位，而且世家子弟大多拥有世传家学，文化起点较高，不愿与太学中的庶族子弟同流，并要求在现行的官学体制中扩大其文化优势，将门阀家学的专利进一步扩充为官学体制中的专利。而现存的太学不能满足这种需求：“博士率皆粗棘，无以教弟子；弟子本亦避役，竟无能习学；冬来春去，岁岁如是”。以致台阁考试降低标准，只问字指、点注、墨法之类的常识，“百人同试”，竟是“度者未十”。由此，太学“博士选轻，诸生避役，高门子弟，耻与其伦”。西晋依汉魏旧制恢复太学，仍未改变太学旧弊，学生品类杂猥，学校有名无实。在此条件下，西晋于咸宁四年（）在太学之外另设国子学，继于元康三年（）设立国子学官品，规定五品以上的官僚子弟，方有资格入国子学读书。从此太学与国子学泾渭两存，国子学为贵胄学校，太学则专收六品以下庶族地主官僚及平民子弟，这种区分士庶贵贱等级的学校制度从此在形式上正式确立，并一直延续了一千多年之久，成为中国封建社会的基本教育形态之一。

但是，魏晋南北朝士庶双轨的学校体制建立之后，其发展并不稳定。这一点，与门阀势力的消长有直接的关系。同时，自永嘉之乱以降，中原丧乱弘多，衣冠道尽，南渡以后，虽肇基江左，亟欲劝学，但衣冠士族，不遑立命，且牒谱散乱，士庶难辨。孝武帝太元元年（），尚书谢石曾表请“复兴国学，以训胄子”；朝廷也明令只限于公卿二千石子弟为国子生，并再三强调：“若非束惰之流，礼教所不及，而欲阶缘免役者，不得为生”。但国学复设之后，仍是“品课无章”，“学建弥年而功无可名，惮业避役，就存者无几，或假括亲疾，真伪难知，声实混乱。”国子祭酒殷茂曾要求恢复元康旧制，只许冠族华胄比列皇储，及“清官子侄”入学为生，彻底改变国子学中“混杂兰艾”的局面。其议虽蒙褒纳，而不得施行。说明东晋时期，经过多年的战乱，门阀士族势力遭到很大削弱，江左苟安之时，也未完全恢复，竟不能有效地控制国子学这样一小块专有的领地，以致庶族布衣竟不顾禁例，争跻于其间，高门大族虽讥讽国学“混杂兰艾”，并自恃清高，“耻与其列”，却又无能改变这种士庶争夺官学位置的现状。晋宋以降，高门大族门户渐成，自可安流平进，世袭显职，居常以文雅自逸，以风流相尚，虽位高名重，而不虑时务，渐失权要；寒人布衣则希荣心切，勤力奉职，因而多被人主倚重，权势益重。随着庶族地主势力的增强，其在教育领域，也多染指冠族华胄的世袭领地——国子学。

宋齐之间，国子学也兴废无常，劝课不广，其教学成果远在一般学校之下。至梁武帝天监兴学，开置五馆，已是不分士庶，广招生徒，而国子学虽然并存于世，其规模及影响竟远在五馆之下。

北朝官学最初未分双轨，北魏道武帝建都平城，先立太学而无国子学，至天兴二年（）增设国子太学生员，其时贵庶混一，学制未分。明元帝在位时，将国子学改称中书学，另立教授博士，但学校设置仍未分立。至太武帝始光三年（），方在平城以东别置太学，并征辟范阳卢玄、渤海高允等名士，拜为中书博士，兼掌太学、中书学之教。但此时北魏贵族大体是指鲜卑拓跋旧部及北边部落氏族贵族而言，尚未归化于魏晋以来传统的门阀政治范畴之内，至太和改制时期，鲜卑贵族才逐步门阀化，并确定了族姓等级制度。与此相适应，官学中双轨体制也逐趋完备；太和中正式改中书学为国子学，迁都洛阳后，诏立国子学、太学、四门学、小学；孝明帝神龟年间又诏定：国学“以三品以上及五品清官之子以上充生。”其后又于正光三年（）初置国子生人。从此，北魏官学适应门阀制度的需求，正式确立了士庶双轨的体制。但在孝明帝统治后期，北魏边镇将领拥兵起事，势力日增，中原衣冠又遭劫难，以致“文章咸荡，礼乐同弃，弦歌之音且绝，俎豆之容将尽”。从此，门阀大族多于战乱之中颠簸离散，北齐国子学竟惟有数十生徒，胄子以经术进仕者也不过一二人。士流与富豪之家多不从学。因此，从北魏孝明帝后期开始，士庶双轨的官学体制已是名存实亡，终至隋世，也未曾改观。

第二，郡国学校制度逐趋完备。由地方政府主办地方学校的传统，肇始于西汉武帝时的蜀郡太守文翁，其后地方学校普遍设立，西汉平帝元始三年初定其名分，但郡国学校制度并不完备。魏晋时期，地方官学虽有创置，仍无定制，多为州郡各自为政，而无统一程式。诸如：羊祜“出镇南夏，开设庠序”；杜预督镇荆州，“修立泮官”；等等。这些在地方开设学官的人士，均为朝廷重臣，且为门阀大族出身的著名学者，其办学举动在当世影响很大。但这些零散的地方官学，多为门阀士族子弟或部分官僚子弟举办，并不带有普及地方教育；广开教育门户的意义，如上述荆州办学，即明令招收“胄子”为生；庾亮办学，也明确规定：只收“束惰之流”——“参佐大将子弟”，及“吾家子弟”，不对一般庶人子弟开放。其后，东晋孝武帝太元元年（），尚书谢石表请“班下州郡，普修乡校”，以便“大启群蒙，茂滋成德”。这个主张虽未实施，但却带有庶民教育的含义，同时也说明，广开地方学校教育的问题，已上升到政府施政决策的范围之内，而不仅仅局限于士族文化的范畴。

魏晋南北朝州郡学校制度的建立和完备，主要是在十六国时期的后赵和北朝元魏政权中完成的。南朝的宋、齐、梁、陈，虽有地方官学与中央官学并行于世，但没有形成常规。

羯人石勒于后赵建平四年（）诏命郡国立学官，并规定：“每郡置博士祭酒二人，弟子百五十人，三考修成，显升台府。石勒之后，其侄子石季龙在位期间，又诏令郡国立五经博士。上述后赵地方兴学之诏的实施情况如何，史料无证，但就此诏文的内容来看，已大体规定了郡国学校的规模、数量、以及教师、学生的限额，并制定了地方学校学生考核、录用的原则；故此诏文内容虽少，却是汉代以来有关郡国学校制度的较完备的政令之一。

郡国学制的完备化，是在北魏逐步完成的。北魏在年吞灭北凉之后，基本统一了北方，随后加快了鲜卑族汉化的进程，并重视恢复和发展中央及地方学校教育，以此作为汉化政策实施的重要组成部分。年（天安元年），北魏献文帝诏谕汉族大臣高允：“自顷以来，庠不建，为日久矣。道肆陵迟，学业遂废；子衿之叹，复见于今。朕既纂统大业，八表宴宁，稽之旧典，俗置学官于郡国”。诏下之后，高允会同中书、秘书二省参议郡国学制，制定出中国古代第一个郡国学制模式，其内容包括：（）学校的规模与设置，按诸郡的大小分级排列：大郡立博士人，助教人，学生人；次郡立博士人，助教人，学生人；中郡立博士人，助教人，学生人；下郡立博士人，助教人，学生人。（）教师的录用标准：博士、助教选取“博关经典，民履忠清，堪为人师者”；博士要求年龄在岁以上，助教要求年龄在岁以上。除上述条件之外，若有“道业夙成，才任教授”，则“不拘年齿”。（）学生的录取标准与次序：取“邵中清望，人行修谨，堪循名教者”；“先尽高门，次及中第”。